在您和朋友使用 WhatsApp 應用程式的同時，訊息就會進行端對端的加密。許多通訊應用程式只能加密您與程式方的訊息，但 WhatsApp 的端對端加密技術會確保只有您跟訊息的接收方可以讀取所傳送內容，沒有其他人可以讀取訊息，即使連 WhatsApp 也不例外。端對端加密技術會將訊息以特別的安全鎖鎖上，只有您和訊息接收方才有安全密鑰可解鎖訊息與讀取內容。為了增加加密的安全性，每一則您所傳送的訊息也有自己的安全鎖和安全密鑰。無需進行任何特殊設定，也不用特地建立私密對話，就可自動確保訊息加密。

在某些國家／地區可使用 WhatsApp 付款功能，於金融機構之間轉帳。卡片與銀行帳號皆已加密並儲存於安全層級極高的網路。不過，由於金融機構無法在沒有收到與付款相關之資訊時進行交易，端對端加密無法涵蓋此部分。