Kad jūs un cilvēki, ar ko sazināties, izmanto mūsu lietotni, tajā ir pieejama WhatsApp pilnīga šifrēšana. Daudzas saziņas lietotnes šifrē ziņas tikai jūsu un lietotnes starpā, taču WhatsApp pilnīga šifrēšana nodrošina, ka tikai jūs un persona, ar ko sazināties, var izlasīt nosūtīto, bet to nevar izdarīt neviens cits, pat ne WhatsApp. Tā tas ir tāpēc, ka jūsu ziņas ir aizsargātas ar slēgu, un tikai saņēmējam un jums ir īpaša atslēga, kas nepieciešama ziņu atbloķēšanai un izlasīšanai. Papildu drošībai katrai nosūtītajai ziņai ir savs unikālais slēgs un atslēga. Viss iepriekš minētais notiek automātiski: lai aizsargātu ziņas, nav nepieciešamības ieslēgt iestatījumus vai iestatīt īpašas slepenās sarakstes.

Atsevišķās valstīs lietotnē WhatsApp pieejamā funkcija Maksājumi iespējo darījumus starp finanšu iestāžu kontiem. Karšu un banku kontu numuri tiek glabāti šifrētā paaugstinātas drošības tīklā. Taču tā kā finanšu iestādes nevar apstrādāt darījumus, nesaņemot ar šiem maksājumiem saistītu informāciju, maksājumi netiek aizsargāti ar pilnīgu šifrēšanu.