WhatsApp-ovo celovito šifriranje je na voljo, kadar vi ali osebe, katerim pošiljate sporočila, uporabljate našo aplikacijo. Številne aplikacije za sporočanje šifrirajo samo vaša medsebojna sporočila, WhatsApp-ovo celovito šifriranje pa zagotavlja, da lahko poslana sporočila preberete samo vi in oseba, s katero komunicirate, in nihče drug, niti WhatsApp. Razlog je ta, da so vaša sporočila za zaščito zaklenjena, posebni ključ za odklepanje in branje pa imate samo vi in prejemnik. Za dodatno zaščito ima vsako sporočilo, ki ga pošljete, edinstveno zaklepanje in ključ. Vse to se zgodi samodejno: brez potrebe po vklopu namestitev ali nastavljanju posebnih skrivnih klepetov za zaščito vaših sporočil.

Plačila prek WhatsApp-a, ki so na voljo v izbranih državah, omogočajo prenose med računi pri finančnih ustanovah. Številke kartic in bančne številke so shranjene šifrirano in v močno zaščitenem omrežju. Toda ker finančne ustanove ne morejo obdelovati transakcij brez prejema informacij, povezanimi s temi plačili, ta plačila niso celovito šifrirana.