הצפנה מלאה מקצה לקצה של WhatsApp זמינה כשאתם והאנשים שעמם אתם מתכתבים משתמשים באפליקציה שלנו. אפליקציות רבות לשליחת הודעות מצפינות את ההודעות בינכם לבין האפליקציה עצמה, אך ההצפנה מקצה לקצה של WhatsApp מבטיחה שרק אתם והאדם שאיתו אתם מתקשרים יכולים לקרוא את מה שנשלח, ולא אף אחד אחר, אפילו לא WhatsApp. כל זה קורה כי ההודעות שלכם נשלחות עם מנעול, ורק לכם ולנמען יש את המפתח הייחודי הנדרש לפתיחה וקריאה של ההודעות. להגנה נוספת, לכל הודעה שאתם שולחים יש את המנעול והמפתח הייחודים לה. כל זה קורה באופן אוטומטי - אין צורך להפעיל הגדרות או להגדיר צ'אטים מיוחדים וסודיים כדי לאבטח את ההודעות שלכם.

תשלומים דרך WhatsApp, אשר זמינים במדינות נבחרות, מאפשרים העברת כספים בין חשבונות בגופים פיננסיים. מספרי בנקים וכרטיסי אשראי מאוחסנים באופן מוצפן ומוגנים ברשת מאובטחת ברמה גבוהה. עם זאת, מכיוון שמוסדות פיננסיים אינם יכולים לעבד עסקאות מבלי לקבל מידע בנוגע לתשלומים אלה, אותם תשלומים אינם מוצפנים מקצה לקצה.