WhatsApp의 종단간 암호화는 메시지를 주고받는 사용자 모두가 해당 앱을 사용할 때 이용할 수 있습니다. 많은 메시지 앱들이 사용자와 상대방의 메시지만을 암호화하는 것에 반해, WhatsApp 종단간 암호화는 사용자와 사용자가 대화하는 상대만이 서로의 메시지를 읽을 수 있으며, 그 사이의 어느 누구도, 심지어는 WhatsApp 조차도 내용을 볼 수 없습니다. 이는 사용자의 메시지가 잠금 장치로 보호되고 대화의 상대만이 특수 키로 잠금 장치를 해제하여 읽을 수 있기 때문입니다. 추가적으로, 사용자가 보내는 모든 메시지는 각각 고유의 잠금 장치와 열쇠를 가지게 됩니다. 이 모든 것들은 자동적으로 이루어집니다: 설정에서 기능을 활성화하거나 특별한 비밀 대화를 설정하여 보호할 필요가 없습니다.

WhatsApp 결제는 일부 국가에서 서비스되고 있으며 금융기관 계좌간 이체가 가능합니다. 카드 및 은행 계좌 번호는 고도의 보안 시스템이 적용된 네트워크에 암호화되어 저장됩니다. 하지만, 금융기관은 결제와 관련된 정보를 수신하지 않으면 결제를 진행할 수 없으므로 이러한 결제는 종단간 암호화되지 않습니다.