A encriptação ponto a ponto do WhatsApp está disponível quando, juntamente com os seus contactos, utiliza a nossa aplicação para trocar mensagens. Muitas aplicações de mensagens apenas encriptam as mensagens enviadas e recebidas, mas a encriptação ponto a ponto do WhatsApp garante que as mensagens enviadas só podem ser lidas pelo remetente e respetivos destinatários. Nenhuma outra pessoa, nem mesmo o WhatsApp, pode lê-las. Tudo porque as suas mensagens são protegidas com um bloqueio que só pode ser anulado com uma chave especial apenas disponibilizada a si e ao destinatário para permitir a leitura. Para oferecer proteção adicional, cada mensagem enviada tem um bloqueio e uma chave exclusivos. Tudo ocorre automaticamente: não tem de ativar definições nem de configurar conversas secretas especiais para proteger as suas mensagens.

A funcionalidade de pagamentos disponível no WhatsApp em países selecionados permite transferências entre contas pertencentes a instituições financeiras. Os números dos cartões e bancários são armazenados encriptados numa rede altamente segura. Contudo, como as instituições financeiras não podem processar as transações sem receberem informações relacionadas com estes pagamentos, os mesmos não são encriptados ponto a ponto.