WhatsApp पर ‘एंड-टू-एंड एन्क्रिप्शन’ फ़ीचर हमेशा उपलब्ध रहता है, चाहे आप किसी को मैसेज भेजें या किसी का मैसेज पढ़ें. कई मैसेजिंग ऐप्स सिर्फ़ आपके और उनके बीच के मैसेजेस को एन्क्रिप्ट करते हैं, लेकिन WhatsApp का ‘एंड-टू-एंड एन्क्रिप्शन’ फ़ीचर ऐसे बनाया गया है जिससे सिर्फ़ आप और जिनके साथ आप चैट कर रहे हैं, वे ही मैसेज पढ़ सकते हैं और कोई नहीं, WhatsApp भी नहीं. एन्क्रिप्शन के होने से आपके मैसेज खास तरीके से सुरक्षित हो जाते हैं, जिसे देखने व पढ़ने का ऐक्सेस सिर्फ़ आपके मैसेज प्राप्त करने वाले के पास होता है और किसी के पास भी नहीं. आप जो मैसेज भेजते हैं उनका स्पेशल ताला और चाबी होती है. यह ताला और चाबी ऑटोमैटिकली काम करते हैं. आपको अपने मैसेज को सुरक्षित करने के लिए किसी सेटिंग को ऑन करने या प्राइवेट चैट्स सेटअप करने की ज़रूरत नहीं है.

कुछ देशों में WhatsApp पर पेमेंट फ़ीचर उपलब्ध है, जिसका इस्तेमाल करके एक बैंक अकाउंट से दूसरे अकाउंट में पैसे ट्रांसफ़र किए जा सकते हैं. कार्ड और बैंक अकाउंट नंबर सुरक्षित नेटवर्क पर एन्क्रिप्शन के साथ स्टोर किए जाते हैं. लेकिन बैंकों को ट्रांज़ेक्शन प्रोसेस करने के लिए इन पेमेंट से जुड़ी जानकारी की ज़रूरत होती है, ये पेमेंट्स पूरी तरह से एन्क्रिप्टेड नहीं होती हैं.