तुम्ही आणि तुम्ही ज्यांना मेसेज/कॉल करता त्या व्यक्ती आमचे ॲप वापरतात तेव्हा त्यांना WhatsApp चे एन्ड-टू-एन्ड एन्क्रिप्शन आपोआप उपलब्ध होते. अनेक मेसेजिंग ॲप्समध्ये फक्त तुम्ही आणि ते ॲप यांच्यामधील मेसेज एन्क्रिप्ट केले जातात; मात्र, WhatsApp वर तुम्ही ज्या व्यक्तीशी संभाषण करत आहात ती व्यक्ती आणि खुद्द तुम्ही, हेच फक्त ते संभाषण वाचू अथवा ऐकू शकतात, अन्य कोणीही नाही, अगदी WhatsApp देखील नाही - अशी ग्वाही WhatsApp चे एन्ड-टू-एन्ड एन्क्रिप्शन देते. याचे कारण म्हणजे, तुमचे मेसेजेस हे एका कुलुपाने सुरक्षित केलेले असतात आणि केवळ तुम्ही व तुम्ही ज्यांना मेसेज पाठवला आहे ती व्यक्ती, यांच्याकडेच ते कुलूप उघडून मेसेजेस वाचण्याची विशिष्ट किल्ली असते. अधिक सुरक्षेसाठी तुम्ही पाठवत असलेल्या प्रत्येक मेसेजला वेगळे कुलूप आणि किल्ली असते. हे सर्व आपोआप होते: यासाठी कोणतेही नवीन सेटिंग सुरू करावे लागत नाही किंवा तुमचे चॅट सुरक्षित ठेवण्यासाठी गुप्त चॅट सेट करावे लागत नाही.

WhatsApp वरील 'पेमेंट्स' हे फीचर काही निवडक देशांमध्येच उपलब्ध आहे आणि ते एका बॅंक खात्यामधून दुसऱ्या बॅंक खात्यात WhatsApp ने पैसे ट्रान्सफर करण्याची सुविधा देते. कार्डचा नंबर आणि बॅंकेशी संबंधित नंबर्स हे एन्क्रिप्ट केलेल्या आणि उच्च सुरक्षा लाभलेल्या नेटवर्कवर स्टोअर केलेले असतात. मात्र, बॅंकांना पेमेंट्सशी संबंधित व्यवहारावर प्रक्रिया करण्यासाठी पेमेंट्सशी संबंधित माहिती लागते. त्यामुळे, ही पेमेंट्स एन्ड-टू-एन्ड एन्क्रिप्शनने सुरक्षित केलेली नसतात.