رمزگذاری سرتاسری واتساپ وقتی شما و کسانی که به آنها با برنامه ما پیام می‌دهید، فعال است. بسیاری از برنامه‌های پیام‌رسان، پیام‌های شما را فقط یک طرفه و بین شما و خودشان رمزگذاری می‌کنند، اما رمزگذاری سرتاسری واتساپ تضمین می‌کند فقط شما و طرف دیگر مکالمه می‌توانید آنچه را ارسال می‌شود بخوانید، و نه هیچکس دیگر در این میان، حتی واتساپ قادر به خواندن آن نیست. چون پیام‌های شما با قفل محافظت شده‌اند و فقط شما و گیرنده کلید مخصوص باز کردن این قفل و خواندن آنها را دارد. برای حفاظت بیشتر، هر پیامی که ارسال می‌کنید قفل و کلید خودش را دارد. همه این‌ها به طور خودکار اتفاق می‌افتد: نیازی به فعال‌سازی تنظیمات یا راه اندازی گفتگوهای محرمانه خاص برای رمزگذاری پیام‌های خود ندارید.

پرداخت‌ها در واتساپ که در بعضی کشورها در دسترس است، انتقال بین حساب‌ها در موسسات مالی را ممکن می‌کند. شماره کارت و شماره حساب بانکی بصورت رمزگذاری شده و در شبکه‌ای با امنیت بالا ذخیره می‌شوند. هرچند، چون موسسات مالی نمی‌توانند بدون دریافت اطلاعات مربوط به این پرداخت‌ها، تراکنش انجام دهند، این پرداخت بصورت سرتاسر رمزگذاری نشده‌اند.